晚清中外防疫交涉深受不平等条约和文化差异影响。19世纪末，西方各国在传染病防治领域出现战略趋同，形成了以检疫、隔离、消毒和治疗为内容的西法防疫，并依仗政治军事霸权在全球推行，中国也开始对来自世界各地的船只进行检疫。香港鼠疫期间，由于中外防疫方式差异显著，列强开启了防疫交涉，华洋分治成为中外处理防疫事务的方式。此后十余年间，鼠疫和霍乱交替流行，列强在加深对华侵略的同时，强化了防疫交涉，直接要求地方官府采取西法防疫。对此，中方起初采取自办防疫策略，在接受西法防疫形式的同时，仍坚持传统防疫方式。直至东北大鼠疫期间，疫情危急，中外防疫交涉强度增加，清政府被迫主动自办西法防疫，以维护行政管理主权，避免外国干涉。与近代其他事务一样，列强通过交涉对清政府的卫生防疫进行干涉，国人则在形式上予以接受，但仍坚守传统防疫理念。