朱熹就“物”而言理气关系，“理”为形而上的“生物之本”，“气”为形而下的“生物之具”。这种形上与形下的二分带来诸多理论上的困难：其一，无论是在时间上还是在逻辑上，理气先后问题均难以得到圆满的阐明；其二，基于气禀而言善恶的分化，将导致气可以违理或气不能违理的两难；其三，气禀既为先天者，则变化气质的工夫难有入手处。王阳明则谓理、气为“心”之不同面向，“气”为本心之流行，“理”为流行之条理，两者实为一元之关系。此说能有效应对朱子学说的困难：理、气只是本心流行的不同向度，并不存在先后的问题；善恶不是源于先天“气禀”，而是出于后天“意气”，违于理者乃是意气中的私欲执着；“变化气质”并非是要改变先天的气禀，而是要破除后天的习气障蔽，是为“客气消而天理行”。王阳明基于心而统合理气，超越了理气的二元对待，并赋予其工夫论义蕴，具有重要的思想史意义。